اختارت الدكتوة هاجر سعد الدين تخصص البرامج الدينية فور التحاقها بالإذاعة المصرية بتشجيع من أسرتها، فصارت أحد العلامات المميزة واستمرت في تقديم برنامجها ” رأي الدين” لمدة 30 عامًا كما أشرفت على برنامج أحاديث الصباح اليومية وكانت تستضيف الكثير من علماء الأزهر، وكذلك أشرفت على أحاديث السهرة وكان من أبرز ضيوفها الدكتور ذكي نجيب محمود والدكتور ثروت أباظة والأديب يحي حقي فأصبحت مديرة للبرامج الدينية في شبكة البرنامج العام.
انتقلت الدكتورة هاجر سعد الدين بعد ذلك إلى إذاعة القرآن الكريم وتولت منصب مدير برامج الأسرة إلى أن تولت منصب رئيس إذاعة القرآن وبذك تصبح أول سيدة تتولى هذا المنصب